Видовой состав ихтиофауны бассейна оз. Байкал разнообразнее по сравнению с другими бассейнами Восточной Сибири, что обусловлено наличием большого количества эндемиков. Водно-биологические ресурсы республики принадлежат к трем эколого-фаунистическим комплексам: сибирскому (карповые, окуневые, щуковые), сибирско-байкальскому (хариусовые, сиговые и осетровые) и байкальскому (подкаменщиковые и голомянковые). Представители последнего комплекса наряду с байкальской нерпой относятся к наиболее известным эндемикам оз. Байкал. Из 71 вида рыб, обитающих в водных объектах республики, промысловое значение имеют 20 видов.
В настоящее время на территории Бурятии выделяются 8 рыбопромысловых районов, в том числе 5 относятся к оз. Байкал. Основой рыбного промысла является рыбохозяйственный фонд оз. Байкал.
При этом промысловое значение имеет лишь его мелководная часть глубиной до 100 м, составляющая около 12,0% акватории озера.
Рыбный промысел базируется на добыче байкальского омуля, мелкочастиковых (плотва, окунь, карась) и крупночастиковых видов (язь, щука). Промысловое значение имеют также акклиматизированные в водоемах Бурятии лещ, амурский сазан и амурский сом, культивируемая и используемая при товарном выращивании пелядь.
Промысел таких видов рыб, как байкальский сиг, белый байкальский хариус, в настоящее время ограничен.
К категории редких и исчезающих видов, занесенных в Красную книгу РФ, относится байкальский осетр.
Как показывают наблюдения, проводимые ФГУП Востсибрыбцентр, состояние рыбных запасов в водоемах республики можно считать удовлетворительными, за исключением некоторых водоемов (оз. Котокельское) и отдельных наиболее ценных видов рыб. Особого внимания заслуживает проблема сохранения тайменя, ленка и хариуса.
